影响EDI系统运行的主要因素有进水温度、进水流量、进水电导率、进水硬度、进水pH值、污染物等，严重可能会导致EDI模块出现故障，损坏EDI模块的内部零件，导致EDI模块出现报废的现象。
进水温度：
EDI的进水温度与系统压力、产水的电阻率有直接关系，EDI模块正常使用的情况下，一般在5-35℃之间，EDI的最佳使用温度是25℃，温度较低时，水的活性降低，宏观上表现为水的黏性增加，系统压力上升。
进水流量：
EDI系统在产水能量一样的情况下，进水树脂越差膜块的单位处理负担就越重，进水流量应当调节的越小。在膜块的启动阶段，应当注意瞬间流量过大时，会造成膜的穿孔。
进水电导率：
在相同的操作电流下，如果原水电导率出现增加的现象，EDI对弱电解质的去除率就会减小，出水的电导率也增加。如果原水电导率低则离子的含量也低，而低浓度离子使得在淡室中树脂和膜的表面上形成的电动势梯度也大，导致水的解离程度增强，极限电流增大，产生的H+和OH-的数量较多，使填充在淡室中的阴、阳离子交换树脂的再生效果良好。
进水硬度：
如果EDI的进水中的硬度过高，就会导致EDI的膜表面出现结垢的现象，浓水流量、电阻率就会出现明显的下降，从而影响产水的水质，如果进水的硬度过高严重，会将EDI的浓水和极水流道堵塞，EDI模块内部会出现发热的现象，如果温度过高会损坏EDI内部的线路等，EDI模块就不能继续使用了。
进水pH值：
进水的pH值能够表示进水中含有的H+含量，一般进水的pH值在5-9.5之间，如果出现pH值较低的现象，一般都是由于CO2的溶解造成的，一般会在EDI模块的前面加入一个脱碳装置，使得水中的CO2控制在5mg/L以下。水中pH值和CO2存在一定溶解关系。
污染物：
EDI内部含有一些离子交换树脂，如果进水中含有一些污染物，树脂就有可能会被这些污染物污染，树脂被污染后，就会造成EDI产水质量下降，污染严重会对树脂造成永久性的损坏，一般树脂会被铁、金属离子，微生物、有机物、油脂等物质污染。
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